В терминале параллельность решается тем же способом, что и в редакторе, - отдельным рабочим деревом. Флаг запускает агента в собственном checkout под пользовательским каталогом деревьев, где они разложены по репозиторию и имени, а другой флаг задаёт корень репозитория. Разделение стоит понимать точно: один флаг определяет, где лежит проект, другой - где происходят правки. Их путают чаще всего, и из-за этого агент работает не с тем деревом, которое вы имели в виду.

Наивная схема - запускать несколько агентов в одном каталоге, потому что в терминале это ничего не стоит. Результат тот же, что и в редакторе: правки наступают друг на друга, а часть конфликтов не видит система контроля версий, потому что они семантические. Один агент переименовал функцию, второй в это же время добавил её вызов - текстового конфликта нет, сборка падает. Дерево на задачу - дешёвая страховка, и в терминале она естественна: каждый агент просто запускается со своим флагом.

Полезно один раз увидеть оба варианта запуска. Ниже - агент в новом дереве под задачу и агент с явно заданным корнем репозитория и именованным деревом. Именованные деревья стоит завести привычкой: имя, совпадающее с задачей, через день экономит минуту на вопрос, что это за дерево и можно ли его удалять.

Признак перепутанных флагов узнаваем. Агент отчитывается о готовых правках, а в основном рабочем каталоге ничего не изменилось: сборка идёт со старым кодом, история изменений чиста. Правки при этом никуда не делись - они лежат в дереве, о котором вы забыли. Поэтому первый вопрос при расхождении отчёта и наблюдаемого состояния не о модели, а о том, в каком дереве шла работа.

Есть флаг, позволяющий пропустить подготовку окружения в новом дереве, и с ним нужно быть аккуратным. Пропуск ускоряет старт, но делает проверки недостоверными: тесты без установленных зависимостей либо упадут по посторонней причине, либо, что хуже, отработают на старом состоянии и покажут зелёный результат, который ничего не значит. Использовать его разумно только там, где окружение подготовлено другим воспроизводимым способом, и это записано.

Главное различение здесь - сессия против checkout. Возобновление сессии восстанавливает разговор: цель, принятые решения, историю. Дерево восстанавливает состояние файловой системы: ветку, правки, установленные зависимости. Это две независимые оси, и восстановление одной без другой даёт странную картину: агент помнит замысел, но не видит своего кода, или видит код и не помнит, почему он такой.